オペラ歌手クリスティーヌに才能を見出し、彼女に音楽の手ほどきをし、クリスティーヌはファントムを“音楽の天使”と信じてプリマドンナへと成長する。幼馴染の青年貴族ラウルに愛されながらも、孤独な魂と情熱を持ったファントムに心を惹かれていくが、ある日ファントムの仮面の下に隠された秘密を知ってしまう。一方怪事件が続くオペラ座では、ファントムを捕まえようとラウルたちが立ち上がる。